甲型H1N1流感病毒HA蛋白结构模建与构象表位分析
吴迪1,2, 徐天磊1, 孙静1, 戴建新4,5, 丁国徽9, 何云刚9, 周正峰10, 熊慧10, 董辉10, 金维荣10, 边超9, 金力3,9,10, 王红艳3, 王小宁3,8, 杨忠2,3, 钟扬2,3, 王皓4,5, 车小燕7, 黄忠8, 蓝柯8, 孙兵8, 吴凡8, 袁政安8,张曦8, 周晓农11, 周佳海12, 马志永13, 童光志13, 郭亚军4,5, 赵国屏3,9,10,14, 李亦学2,9, 曹志伟1,2
1 同济大学生命科学学院, 上海 200092;
2 上海生物信息技术研究中心, 上海 200235;
3 复旦大学生命科学学院, 上海 200433;
4 第二军医大学肿瘤研究所, 上海 200433;
5 华南理工大学生物科学与工程学院, 广州 510640;
6 抗体药物国家工程研究中心, 上海 201203;
7 南方医科大学珠江医院, 广州 510282;
8 上海市疾病预防控制中心, 上海 200336;
9 中国科学院上海生命科学研究院CAS-MPG计算生物学伙伴研究所计算基因组学实验室、系统生物学重点实验室生物信息中心、植物生理生态研究所合成生物学实验室、巴斯德研究所, 上海 200031;
10 国家人类基因组南方研究中心, 省部共建国家重点实验室培育基地-上海市疾病与健康基因组学实验室, 上海 201203;
11 中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所, 上海 200025;
12 中国科学院上海有机化学研究所, 上海 200032;
13 中国农业科学院上海兽医研究所, 上海 200241;
14 生物芯片上海国家工程研究中心, 上海 201203;
最近几个月来, 一种新型流感病毒H1N1在全球流行. 本文运用生物信息技术, 从NCBI发布的新型A H1N1流感病毒基因序列出发, 通过同源模建方法构建了HA蛋白三维结构, 利用自主开发的蛋白抗原空间表位预测程序SEPPA预测了HA蛋白潜在空间表位氨基酸, 并与以往流感病毒HA蛋白潜在构象表位进行了比较. 结果发现HA蛋白中58个氨基酸残基具有较强的免疫原性, 大部分在HA蛋白球状头部表面上聚集成簇, 构成空间抗原表位. 与以往流感病毒HA蛋白潜在空间表位相比, 虽然坐落位置相似, 但新的抗原表位在静电势性质上明显不同于以往流感病毒HA蛋白抗原表位.
国家重点基础研究发展计划(编号: 2004CB720103, 2006AA02312)和上海市教育基金(批准号: 2000236018, 2000236016)资助项目