一种利用RT-PCR特异扩增甲型流感病毒HA基因多变区片段并测序确定分型的方法
严安1, 丁国徽2, 周正峰1, 董辉1, 张亚坤1, 祝雷3, 何云刚2, 边超2, 张国庆4, 李亦学2,4, 孙兵2, 黄忠2,蓝柯2, 金力1,2,3, 王红艳5, 王小宁5,6, 杨忠4,5, 钟扬4,5, 戴建新7,8, 郭亚军7,8, 王皓7,8, 车小燕9, 吴凡10, 袁政安10, 张曦10, 曹志伟4,11, 周晓农12, 周佳海13, 马志永14, 童光志14, 赵国屏1,2,3,5, 金维荣3, 熊慧1
1 国家人类基因组南方研究中心, 省部共建国家重点实验室培育基地-上海市疾病与健康基因组学实验室, 上海 201203;
2 中国科学院上海生命科学研究院CAS-MPG计算生物学伙伴研究所计算基因组学实验室、系统生物学重点实验室生物信息中心、植物生理生态研究所合成生物学实验室、巴斯德研究所, 上海 200031;
3 生物芯片上海国家工程研究中心, 上海 201203;
4 上海生物信息技术研究中心, 上海 200235;
5 复旦大学生命科学学院, 上海 200433;
6 华南理工大学生物科学与工程学院, 广州 510640;
7 第二军医大学肿瘤研究所, 上海 200433;
8 抗体药物国家工程研究中心, 上海 201203;
9 南方医科大学珠江医院, 广州 510282;
10 上海市疾病预防控制中心, 上海 200336;
11 同济大学生命科学学院, 上海 200092;
12 中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所, 上海 200025;
13 中国科学院上海有机化学研究所, 上海 200032;
14 中国农业科学院上海兽医研究所, 上海 200241;
针对甲型流感病毒HA基因的H1, H2, H3, H5, H7和H9亚型的序列特征, 设计专用PCR引物, 通过RT-PCR特异扩增相应片段并测定序列, 可以准确地区分H1和H3感染人类的流感病毒及其亚型. 这种基于流感病毒核酸序列测定的特异性检测方法, 不仅可以用于新型甲型H1N1病毒的快速确诊和分型, 并且还可推广应用于今后其他流感病毒或具有爆发潜力的新型流感病毒的监测.