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甲型H1N1流感病毒 |
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甲型H1N1流感病毒流行株基因组进化分析
寇铮①, 胡松年②, 李天宪①
① 中国科学院武汉病毒研究所, 病毒学国家重点实验室, 武汉 430071;
② 中国科学院北京基因组研究所, 北京 100029
2009年4月, 北美地区出现甲型H1N1流感疫情, 并且疫情快速扩散至欧亚非三大洲, 风险等级上升至5级. 截止至5月13日, 甲型H1N1流感病毒已扩散至33个国家和地区, 实验室确认病例5728例, 死亡61人. 从NCBI的IRV和GISAID的EpiFluDB数据库下载甲型H1N1流感病毒序列425条, 进行序列比对与进化分析. 分析结果显示: (ⅰ) 当前流行的甲型H1N1流感病毒是一个三重排A型流感病毒: HA, NA, MP, NP和NS来源于猪流感病毒; PB2和PA来源于禽流感病毒; PB1来源于人流感病毒. (ⅱ) 猪流感病毒的来源可细分为: HA, NP和NS来源于H1N1亚型经典猪流感毒株; NA和MP来源于H1N1亚型禽源猪流感毒株. (ⅲ) 甲型H1N1流感病毒在流行扩散过程中没有显著变异, 同时病毒基因组没有发生重排. 本文除了分析美国代表毒株A/California/04/2009(H1N1)外, 还以墨西哥代表毒株A/Mexico/4486/2009(H1N1)为主进行了同源性和进化分析, 地理范围相对较大, 分析结果更具科学性.
国家科技基础性工作专项(批准号: 2007FY210700, 2005CB523007)、中国科学院知识创新工程重要方向性项目(批准号: KSCX2-YW-N-065)、中国科学院e-Science项目(批准号: INFO-115-D02)和欧盟第六框架项目(批准号: SP5B-CT-2006-044161, SP5B-CT-2006-044405)资助