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中国科学C辑:生命科学 2009, 39(6) 585-595 DOI:
ISSN: 1006-9259 CN: 11-3755/N |
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基因组概览序列(genome survey sequence, GSS) |
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microRNAs |
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小麦 |
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生物信息学方法挖掘小麦中的microRNAs 及其靶基因 |
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韩友生, 栾福磊, 朱洪亮, 邵毅, 陈安均, 卢承文, 罗云波, 朱本忠* |
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中国农业大学食品科学与营养科技学院, 北京 100083 |
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摘要：
microRNAs(miRNAs)是最近发现的一种内源、非编码、长度约为21 nt的小分子RNA, 在转录后水平起调控基因表达的作用. 先前的研究发现, 植物中的miRNAs具有高度的保守性, 这为在其他植物物种中通过同源比对发现保守的miRNAs提供了思路. 本文利用EST和GSS分析法在小麦中预测miRNA及其靶基因. 简单过程是, 将其他植物物种中已经发现的miRNA与小麦的EST和GSS数据库比对, 经过一系列的标准筛选、预测小麦miRNA. 通过这一策略, 本文共得到属于18个家族的37条小麦miRNA, 其中有10条保守的miRNA是第一次被发现. 发现miR395是一个非常特殊的家族, 因为它的3个成员成簇的存在形式与动物miRNAs非常相似. 本文还利用新发现的小麦miRNAs通过在线软件miRU与编码蛋白的数据库比对, 总共预测到361个靶基因, 其中一些靶基因参与到了小麦的生长发育、新陈代谢及抗逆过程. |
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关键词：
表达序列标签(express sequence tag, EST)
基因组概览序列(genome survey sequence, GSS)
microRNAs
靶基因
小麦
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Abstract:
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Keywords:
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收稿日期 2009-04-09 修回日期 2009-04-23 网络版发布日期 |
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DOI: |
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基金项目:
国家自然科学基金(批准号: 30600421和30871741)资助项目 |
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通讯作者: 朱本忠 |
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Email: cauzbz@yahoo.com.cn |
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作者简介: |
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| 参考文献： |
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